统治制度主要是委托监护制，大地产制等，还有一些辅助因素，天主教、宗教裁判所等
自从1521年特诺奇蒂特兰被征服，到1821年墨西哥获得政治独立的这三百年里，以墨西哥殖民地为中心的新西班牙总督辖区一直是西班牙帝国中最重要的领地。殖民时期，西班牙的殖民当局建立起的王权和教会的双重治理模式，让墨西哥的土著臣服在新的统治者手下。并且他们开始向新的神灵祈祷，导致传统社会在军事，政治和精神的征服之下经历了深刻的变化。虽然说墨西哥的土著居民在西班牙殖民者的统治下经历了巨大的苦难，但是他们却没有成为西班牙的消极受害者，反而这些暴力与非暴力的不同方式的殖民开拓，在塑造墨西哥的现代文明中发挥了十分重要的作用。
1519年到16世纪70年代，国王授予了征服者广泛的权力，私人的征服活动占据着统治地位。征服者们在政治上依靠宫廷权贵的支持，在经济上依靠新兴商人，银行家和造船主的支持，在人力上依靠着没落贵族、骑士和亡命徒的支持，采取着远征队的形式开展殖民活动。征服者往往肆意掠夺印第安土著，不加节制地滥用他们的权利，早期的征服者和他们的后代，与新殖民地的后来移民广泛的推行委托监护制，以此来剥削印第安土著。根据这个分配制度，一个印第安酋长和他所属的印第安人被委派给一个委托监护主，由他以及他必须聘请的教士提供保护，传授天主教义，并且学习西班牙语。同时作为回报，印第安人有义务向监护主们缴纳贡赋，并且在监护主和教会的矿山或者地产上进行劳作。在西班牙殖民者侵占墨西哥的半个世纪后，有印第安人居民的地区，都实行了这种委托监护制。这种虐待行为的劳工制度导致了特权的滥用，导致很多印第安人被迫的过度工作。再加上当时欧洲的一些传染性疾病，比如天花，麻疹，肺结核等病的传入，让土著人口急剧下降。因为人口下降导致了征税困难，所以西班牙王室在1720年取消了委托监护制，开始实行劳役摊派制。随着西班牙的殖民进程不断地深入，西班牙王室派出了一批忠诚的基干政府官员，取代了一开始的冒险家和征服者，这一举措直接加强了政府对于殖民地的直接控制。为了更多的掌握政治决策权，还制定了专门的政策和法律来保护墨西哥的土著。一直到16世纪70年代，西班牙的王室才初步形成了对于殖民地的政治管理模式。
1524年设立了一个统一管理美洲殖民地的中央独立机构，西印度事务委员会，代表西班牙国王领导和处理新大陆所属领地事物的最高决策机关，行使着立法，司法，行政，财政和军事各项职能。1529年查理五世决定开始以卡斯蒂尔的中央集权君主统治形式作为蓝本来确立殖民地政府，并以此来推行西印度院的政策。西班牙王室在殖民地的主要代理机构有总督辖区，都督辖区，检审庭辖区和市镇辖区。总督辖区是西班牙美洲殖民地的最大和最高行政机构，具有代表国王，领导立法，管理城市，财政和公益事业，统帅军队等权力。为了加强对殖民地的管理和控制，西班牙王室又把总督辖区划分为了若干检审庭辖区。从这些行政体系可以看出，西班牙对于殖民地的管理制度是比较有组织性的。但是各个层级之间的职责划分不太明确，所以出现了同一个官员有不同的职责，同一职责又有所重叠的现象。
西班牙政府试图将殖民地的人划分为西班牙人和印第安人两个类别，但是要是想要实行分割的居住模式并不能完全的实施，地方政府也无法在法律上为这两个族群的居住区做出清晰的界定。随着时间的退役，种族的混杂也使得两类人的界限越来越模糊。在印第安人的社区，殖民者们依靠着土著男性酋长来维持着他们的权威，土著印第安人的上层阶级继续担负着他们在被征服前所负担的责任。土著村社的地方政府主要还是掌握在了土著人手中，对于社区的日常管理，也是通过土著上层精英来实行。土著精英人士显然已经成为了西班牙人社会和印第安人社会的一种媒介，这在一定程度上实现了印第安社区的自治性，为印第安的本土文化延续留下了余地。
即使墨西哥的土著在政治生活中，成功的应对了殖民地征服，保留了一部分自己的东西，但是他们在宗教信仰和传统习俗中仍然面临着挑战。在西班牙对墨西哥开展了军事征服和政治征服之后，罗马的天主教教士开始组建了宗教入侵的先锋队。和殖民地的行政组织并行着，殖民地的教会本身是带有一整套的自上而下的教阶系统。大主教是仅次于总督的重要人物，在他之下设有七个主教，宗教法庭和其他的教会成员，还有一些普通乡村牧师和其他的教会官职。和教会组织并行的还有很多独立的受教规约束的各宗派隐修会，比如方济各会，多明我会，耶稣会和奥古斯丁宗等等，这些罗马天主教的隐修会传教士则是由各自修会的首脑管辖。
传教士们刚开始来到墨西哥设想的是，让在欧洲大陆遭到破坏的纯洁天主教能够在墨西哥土著的世界里被恢复，所以墨西哥自然而然成为了进行天主教乌托邦实验的场所。他们改变广大印第安人信仰的最有效方式就是培养土著的神职人员，于是他们为印第安土著的上层青年开办教学，以备日后教化他们自己的世界。传教士们为了能够更好的传播天主教，消灭印第安文化，还系统的学习了土著文化，对墨西哥的土著语言，宗教和历史等都进行了长期而又耐心的调查研究。然而事与愿违，天主教的修道士在人数上极为有限，语言障碍和土著人对于欧洲文化的一无所知也限制着印第安土著的天主教化进程。
到了16世纪70年代，墨西哥土地上这一阶段的传教特点是，西班牙王室希望在那些稳定下来的殖民地实行和巩固西班牙人的社会与经济模式，建立一个强大的世俗教会。他们开始实行教区管辖制度，树立大主教的权威。国王开始积极的委派和提拔教区神父，主教们也热衷并开创出了世俗传教士管辖的新教区，想要代替隐修会的传教士在这片已经被征服的地区对印第安土著皈依者进行精神的指引。西班牙的国王政府还规定了，一旦完成了一个地区最初的天主教皈依工作，世俗神职人员就应该逐渐取代隐修会的神职人员，而隐修会的神职人员就要转移到更加偏远的边境地区，继续进行天主教化的工作。政府开始禁止使用土著语言，要求印第安土著必须使用西班牙语。为了建立正统的教权秩序，政府还开始限制早期传教士的自由行动，禁止自行建立教会组织，教会团体也必须服从各地主教的领导。西班牙王室在这个时期还减少了对于隐修会的物质支持，很多济贫院等教会团体在这个阶段开始逐渐消失，传教士们也丧失了在传教活动中的重要性。而印第安土著居民还经常退回到异教礼制，这就更加打击了传教士们最初想要创建天主教乌托邦的幻想，他们也开始放弃了对于土著神职人员的培养。
